Video: Apa itu file indeks BAM?
2024 Pengarang: Lynn Donovan | [email protected]. Terakhir diubah: 2023-12-15 23:48
A berkas BAM (. bam ) adalah versi biner dari SAM mengajukan . SAM mengajukan (. sam) adalah teks berbatas tab mengajukan yang berisi data perataan urutan. Pengindeksan : IGV mengharuskan SAM dan file BAM diurutkan berdasarkan posisi dan diindeks , dan bahwa file indeks mengikuti konvensi penamaan tertentu.
Demikian juga, orang bertanya, bagaimana cara membuka file BAM?
Dari Mengajukan pilih menu Membuka dan pilih file BAM dari sisi kiri. Pilih tombol di sebelah kanan yang bertuliskan Tambahkan a berkas BAM . Navigasikan ke BAM Tes File folder yang Anda unduh pilih with_index_with_graph. Klik Membuka , pilih peta.
Kedua, bagaimana cara mengonversi file BAM ke Fastq? Di bawah ini adalah langkah-langkah untuk Mengkonversi File BAM ke format FASTQ. Ini akan bekerja di Linux dan akan membutuhkan SAMTOOLS dan BEDTOOLS
- Unduh SAMTOOL.
- Ekstrak menggunakan Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Ini akan membuat folder dengan nama samtools-version.
- Pindah ke direktori cd samtools-version.
Demikian juga, bagaimana cara mengonversi file BAM ke file SAM?
Ke konversi SAM ke BAM , kita menggunakan perintah samtools view. Kita harus menentukan bahwa input kita ada di format SAM (secara default diharapkan BAM ) menggunakan opsi -S. Kita juga harus mengatakan bahwa kita ingin outputnya menjadi BAM (secara default menghasilkan BAM ) dengan opsi -b.
Apa yang dilakukan tampilan Samtools?
Samtools adalah satu set utilitas yang memanipulasi keberpihakan dalam format BAM. Ini mengimpor dari dan mengekspor ke format SAM (Sequence Alignment/Map), melakukan menyortir, menggabungkan dan mengindeks, dan memungkinkan untuk mengambil bacaan di wilayah mana pun dengan cepat. Samtools dirancang untuk bekerja pada aliran.
Direkomendasikan:
Apa itu indeks lewati pemindaian di Oracle?
Pemindaian melewatkan indeks adalah rencana eksekusi baru di Oracle 10g di mana kueri Oracle dapat melewati ujung depan dari indeks gabungan dan mengakses kunci bagian dalam dari indeks multi-nilai
Apa itu organisasi file dan file?
Organisasi File mengacu pada hubungan logis di antara berbagai catatan yang membentuk file, terutama yang berkaitan dengan cara identifikasi dan akses ke catatan tertentu. Dalam istilah sederhana, Menyimpan file dalam urutan tertentu disebut Organisasi file
Apa itu file transaksi dan file master?
Definisi: file transaksi. file transaksi. Kumpulan catatan transaksi. File transaksi data digunakan untuk memperbarui file master, yang berisi data tentang subjek organisasi (pelanggan, karyawan, vendor, dll.)
Apa itu indeks dan buat indeks dalam SQL?
Pernyataan SQL CREATE INDEX. Pernyataan CREATE INDEX digunakan untuk membuat indeks dalam tabel. Indeks digunakan untuk mengambil data dari database lebih cepat daripada sebaliknya. Catatan: Memperbarui tabel dengan indeks membutuhkan waktu lebih lama daripada memperbarui tabel tanpa (karena indeks juga memerlukan pembaruan)
Apa perbedaan antara indeks pengelompokan dan indeks sekunder?
Indeks utama: dalam file yang diurutkan secara berurutan, indeks yang kunci pencariannya menentukan urutan file secara berurutan. Juga disebut indeks pengelompokan. Indeks sekunder: indeks yang kunci pencariannya menentukan urutan yang berbeda dari urutan file. Juga disebut indeks non-clustering